A、蛋白質千差萬別，但肽鍵的結構相同，A錯誤；

B、在生物體中組成蛋白質的氨基酸種類和數量不同，是蛋白質千差萬別的原因之一，B正確；

C、氨基酸的數目成百上千，形成肽鏈時，不同種類的氨基酸排列順序千變萬化，C正確；

D、多肽鏈形成蛋白質的空間結構千差萬別，D正確．

故選：A．