首先，糾正幾個點：
不是音標會有美式和英式發音不同，而是部分單詞的發音規則會有差異。因為不論是IPA還是DJ，都是只是用來標記發音的語音符號，不論是英式發音還是美式，甚至是非洲口音，都是可以用音標體系來標記。

一些基本概念

「IPA」

-國際音標體系，可以用來標記不僅僅英語，而且是【世界語言】

DJ音標

-DJ是著名語音學家 Daniel Jones名字首字母的縮寫， 首次出現在他的《English Pronouncing Dictionary》（這部詞典是劃時代的著作，是第一部精確描述英語發音的詞典）。DJ 音標也是我們最為熟悉的體系，因為被國內中學課本，以及經典教材《新概念英語》所用

而 KK 音標

是 John Samuel Kenyon 與 Thomas A. Knott 以「Kenyon and Knott」聯名編寫的《A Pronouncing Dictionary of American English》 中使用的類 IPA 系統。多為臺灣的英語語音教材使用（賴世雄的音標課程就是用的KK音標體系）

因為常用 DJ 音標

標注英式發音，許多人誤以為 DJ 音標（或者很多書上直接說「IPA」或「國際音標」）是專門用于英式英語的音標。其實，DJ 音標只是最初用于英式英語發音（Received Pronunciation），因為它相當嚴謹，后來很容易就拓展到了標注美式英語發音（General American）。

KK 音標

是常見的用于標注美式英語發音的音標系統，它總體還是和 IPA 一致，但為美式英語簡化了好幾個音的標注方式，還有一些符號書寫也變了（包括 DJ 音標的 /r/ 和 /?/），所以我們經常都不認為它是 IPA 了。比如：
用 /e/ 代替 IPA 一般選用的 [e?]，/o/ 代替 [o?]：因為對英語來說確實沒有必要把這兩個雙元音寫清楚，只要和其他元音區分開就可以了；而且美式英語里這兩個雙元音的首尾比英式英語更接近，也就是更像單元音；

基本不為元音附加長音記號：DJ 音標細致描述音質和音長差異的 [?] 和 [i?] 對立，對應著僅描述音質差異的 /?/ 和 /i/，而 [?] 和 [u?] 對應 /?/（這個符號也從倒著的小型 Ω 改成了小型 U）和 /u/；

使用 /?/ 這個記號：英式英語沒有這個卷舌的 [?]，在同樣的位置一般就是 [?]；

沒有 /?/：美式英語沒有這個音，它并入了 /ɑ/，所謂 father–bother merger；

把 IPA 的強音和次強音記號斜著寫；

回到問題上來，簡單來說，

DJ 音標只是最初用于英式英語發音，但不排除有用D

J來標記美音的情況。

不過

確實 DJ 音標常標英音，而 KK 音標常標美音。
很多時候，一個詞的 DJ 音標和 KK 音標差異不僅在于音標的符號本身，也在于英式和美式發音。 比如（第一個是 DJ 音標，第二個是 KK 音標）：
pat

/p?t/ /p?t/（無顯著差異）

pace

/pe?s/ /pes/（主要是符號選用不同，實際發音也可能有一點差別, 美音中發音雙元音沒有英音那么明顯

path

/pɑ?θ/ /p?θ/（純粹是英美發音差異導致了音標不同：英音發長音a，美音發梅花音）

類似pace，還可以可以看make

這單詞
如果標記為/mek/，則為 KK ，如果標記為/meik / 則為DJ

舉個栗子
bed

/bed/ BrE，/?/ AmrE

發音相同，只是標記符號不同而已，

流利說的口語發音教練課程里面把bed，以用/?/標記/e/

原因是：賴世雄美語采用KK音標中/e/=/ei/, 該課程也在流利說里面出現，為了避免混淆，所以口語發音教練課程采用了/?/標記/e/